В течение длительного времени оставался военно-административным центром в глубине марийского края. В городе размещались уездная администрация и военный гарнизон, состоящий из русских стрельцов и служилых людей, которым не раз приходилось подавлять стихийные волнения местного населения. Например, бунтующие крестьяне Поволжья и Вятской стороны (русские, татары, чуваши, марийцы) зимой 1609 года с боем захватили Царевококшайск. Для усмирения повстанцев из Казани прибыл царский карательный отряд, который жестоко расправился с восставшими.